Mục đích chính của đoàn thám hiểm là để tiến hành một cuộc khảo sát thủy văn của vùng bờ biển phía nam của Nam Mỹ để tiếp nối và điều chỉnh công tác điều tra trước đó, để lập ra bảng xếp hạng hải lý cung cấp thông tin định hướng và độ sâu nước biển cho hải quân và thương mại.

Một bản ghi điều khoản của ban lãnh đạo hải quân sắp đặt các chỉ thị chi tiết. Đòi hỏi đầu tiên là phải giải quyết những bất đồng trong các cuộc đo đạc trước đó về kinh độ của Rio de Janeiro, đó là điều cần thiết vì là điểm cơ sở cho các khoảng cách kinh tuyến. Các đồng hồ hàng hải chính xác cần thiết để xác định kinh độ đã chỉ có thể có được kể từ năm 1800; Beagle có cả 22 đồng hồ hàng hải cho phép điều chỉnh. Tàu phải dừng lại tại các điểm quy định bốn ngày để đánh giá các đồng hồ hàng hải và kiểm tra chúng bằng cách quan sát thiên văn: đó là điều cần thiết để có những quan sát tại Porto Praya và Fernando de Noronha để hiệu chỉnh các cuộc đo đạc trước đó của Owen và Foster. Điều quan trọng để khảo sát phạm vi quần đảo rạn san hô Abrolhos, hiển thị không đúng trong cuộc khảo sát của Roussin, sau đó tiến tới Rio de Janeiro để quyết định kinh độ chính xác của đảo Villegagnon.[1]

Công việc thực tế của cuộc khảo sát là khởi đầu từ phía nam của Río de la Plata, với các chuyến đi tới Montevideo rồi trở về để bù đấp nhừn tiêu thụ. Có những ưu tiên phải thực hiện bao gồm khảo sát Tierra del Fuego và tới các cảng ở quần đảo Falkland. Các bờ biển phía tây sau đó phải được khảo sát từ nam lên bắc xa như thời gian và nguồn lực cho phép. Người chỉ huy sau đó sẽ quyết định con đường riêng của mình về phía tây: tùy theo mùa, anh ta có thể khảo sát quần đảo Galápagos. Sau đó, Beagle đi tới điểm Venus, Tahiti và vào cảng Jackson thuộc Úc, đó là những địa điểm để thử lại sự chính sác các đồng hồ hàng hải.[2]

Những chỉ thị khác là không nên lãng phí thời gian vào các bản vẽ xây dựng; biểu đồ và sơ đồ cần có ghi chú và quan cảnh đơn giản từ biển tới bờ cho thấy chiều cao đo được của các ngọn đồi. Những ghi chép liên tục về thủy triều và điều kiện khí tượng cũng được yêu cầu. Một đề nghị bổ sung là một khảo sát địa chất một đảo san hô ở Thái Bình Dương bao gồm cả các dòng thủy triều, để điều tra sự hình thành của các rạn san hô đó.[3]